ウェブマスターツール＞検索トラフィック＞内部リンクとは？

ウェブマスターツールでサイトを指定した後、左サイドのメニューより【検索トラフィック】を選び、その中の【内部リンク】欄はどういったデータなのか、またここにリスト化されないページやディレクトリがある場合、対処法はあるのかを見て行きます。

内部リンクとは？

サイト内の各ページから受ける内部リンクの総数を確認する機能です。
内部リンクが集まるページは、サイト内でも重要度の高いページであると言えます。

多くのサイトではトップページやグローバルメニューのリンク先ページが総数の上位になるかと思います。
リンク▲　や　リンク▼　をクリックすることで並び替えが出来ますから、あなたのサイトでの内部リンクが多く集まっているページ（重要なページ）がどこなのかチェックしてみましょう。

このデータをいかに活用するか

内部リンクはサイト管理者がコントール出来る唯一のリンクです。
ですから、より多くのトラフィックを得たい重要なページヘ内部リンクが集まるように編集する際の目安にすると良いでしょう。

また、重要度が低いページに対し内部リンクが集まっている場合、リンク構造の見直しをしましょう。
ユーザー導線上必要なリンクだが、検索エンジン経由でのトラッフィクを得る目的ではないページにおいては、内部リンクにnofollowを付けるなどし、コントロールすることも重要です。

具体的には、規約やプライバシーポリシーページのような提示が必要だが、検索エンジンから規約ページヘ直接アクセスがあることを想定していない（希望もしない）ページではコントロールが望まれるでしょう。

<a href="page_hoge.html" rel="nofollow">ページへリンク</a>

上記はノーフォローリンクのマークアップ例です。rel=”nofollow”がつくと検索エンジンはリンクをクロールしません。（実際にはクロールしますし、リンクジュースを渡しているように見えます。）
追記20150121：リンクジュースとは？リンクジュースの説明を全力で簡単にした。

リスト化されないページがある場合

いくつか原因が考えられます。

最も大きな可能性は、該当ページがインデックスしていない場合やクロールされていない可能性です。
これは状況が深刻です。早期の解決が必要です。検索に引っかからない時、サイト管理者が確認すべきこと　この記事を参考に、インデックスしているかの確認としていない場合の対処を行なって下さい。

次に考えられる可能性は、URLの正規化ができていない事による問題です。
具体的には、
www.example.com　でウェブマスターツールへ登録しており、
example.com　でリンククロールやインデックスがなされているケースです。
この問題を解決するには、

1. ウェブマスターツールへwwwありにて追加登録する
2. サイトの設定＞使用するドメインでオプション設定をする
3. 301リダイレクトをかけてURLを正規化する

この3種類が挙げられます。

サイトの設定＞使用するドメインでオプション設定をする

ウェブマスターツールへログイン後に、サイトを選択します。
選択後、右上部にある歯車マークから、【サイトの設定】を選択します。

【使用するドメイン】欄にて設定を変更したい場合には、変更を行います。

301リダイレクトをかけてURLを正規化する

このブログでもURLの正規化方法を説明しています。
URLの正規化はSEOの基本（wwwありなし・index.htmlありなしの統一）
実際のソースコード例も載っています。こちらを参考にして修正すると良いでしょう。

リスト化されない理由として、最後に挙げられるのは【巡回頻度が少ない】または【反映待ち】です。
定期的な更新が行われていないサイトや、トラフィック量の小さいサイトではクローラーの巡回は頻度も少なく、ウェブマスターツールへの反映にも時間が掛かります。
理解違いをされている方が多いのですが、クローラー巡回とウェブマスターツール上への反映には時間差があります。
検索順位に大きな影響が出ていても、ウェブマスターツール上では何の変化もないのはこの為です。

数字のみのディレクトリ名だとリスト化されにくい？

実際にところ不明ですが、Googleヘルプフォーラム上で同様の問題が指摘されていました。
このブログはわりと高頻度でクローラーも回ってきますので良いテストかと思い、投稿ファイル名を数字のみにしました。
結果については後日追記の予定です。
1月末か、2月上旬には！
追記20150224：数字のみのディレクトリ名、ファイル名でも内部リンクとしてリスト化されました。数字のみだからどうといった問題はないと言えます。

ディレクトリ名は内部リンクにちなんで【７１２】（ないぶ）

— MarketingBoost (@marketing_boost) 2015, 1月 19